SourceTreeをｲﾝｽﾄｰﾙしていないので実物でのﾃｽﾄはしていませんが､単なるﾊﾞｯﾁﾌｧｲﾙなのでおそらく大丈夫だと思います｡

>作成ﾌｧｲﾙがひとつしか存在しないため､差分の全てのﾌｧｲﾙが取得されるように出来るか

結局DIFF_LISTにｾｯﾄされるのが最後のﾌｧｲﾙ名だけになっているので､追記していく形にしなければなりません｡

環境変数やｺﾏﾝﾄﾞﾗｲﾝでの文字数制限が8000文字程度なので､あまりにﾌｧｲﾙが多すぎると破綻します｡あと､ﾊﾟｽ名にｽﾍﾟｰｽが入っていない前提になってます｡

@echo off
setlocal ENABLEDELAYEDEXPANSION
set DIFF_LIST=
for /f %%A in ('git diff --name-only HEAD "HEAD^"') do set DIFF_LIST=!DIFF_LIST! %%A
git archive --format=zip HEAD -o archive.zip %DIFF_LIST% 
endlocal

>最新ではなく､ｶｽﾀﾑ操作として指定したﾊﾞｰｼﾞｮﾝのみの差分ﾌｧｲﾙを取得できるようにしてほしい｡

http://blog.44uk.net/2013/08/13/git-export-tools-for-sourcetre/
を参考にしました｡

実行するｽｸﾘﾌﾟﾄに下記のﾊﾞｯﾁﾌｧｲﾙ､ﾊﾟﾗﾒｰﾀに $SHA を入れればいけるはずです｡

@echo off
setlocal ENABLEDELAYEDEXPANSION
set DIFF_LIST=
set NEW_SHA=%1
set OLD_SHA=%2
if "%OLD_SHA%"=="" set OLD_SHA=%NEW_SHA%^^
for /f %%A in ('git diff --name-only "%OLD_SHA%".."%NEW_SHA%"') do set DIFF_LIST=!DIFF_LIST! %%A
git archive --format=zip HEAD -o archive.zip %DIFF_LIST%
endlocal