紙の枚数で料金が決まるので、メモリ容量の許す限り、
できるだけ多階調、高解像度、無圧縮のデータとすべきです。
後から階調や解像度を落としたり、データ形式を変換したり出来るからです。
今は数GBのUSBメモリが当たり前に使われているので、容量に困る事はないでしょう。
やはり容量を気にしないのならできるだけ多階調、高解像度、無圧縮のデータにする方がいいようです。(OCRソフトによっては圧縮するものもあるので)
http://www.book-scan.net/scan/dpitoocrsetteijinofairusaizunotigai.html
コンビニではローソンの.pdfには「OCR埋め込み文字機能付き」がついているそうなのでそちらの方がおすすめです。ただし値段はローソンが高いです。
http://yaplog.jp/kephis/archive/23
ほか参考リンク
http://keme.hatenablog.com/entry/20101126/1290793461
高解像度で多階調のデータでスキャンするべきですよ。
そうしておけば後からいくらでも圧縮等はかけられますし、OCRに最適な画像処理ができます。
ただ、無地の部分の埃やシミなどが目立つ場合もあり、これが障害になることもあります。
それでも高解像度の方が有利ですよ。
基本的にOCRはパターン認識なので二階調の方が読み取り精度が良いです。
ただし、きれいにスキャンできるならという条件があります。
スキャン対象が古い書籍のように紙に地の色がついていると、二値でスキャンするとノイズが出やすいです。
コンビニの機種による違いよりも、スキャン対象の品質にもよる違いの方が大きいと思います。
スキャン対象の品質次第ですが、二階調でスキャンするのがよろしいと思います。
スキャンする枚数が少なければ、様子を見ながら閾値を変えて二値化するのが一番良いと思うのですが。