原状回復義務について
http://www.chinkan.jp/live/recovery/
法的には回復義務はないかもしれませんが、請求される可能性は高いと思います。
いわゆるボロアパートなら笑って許してもらえる範囲ですが、家賃、特に管理費の高さを見ても、傷や汚れは突っ込まれるのではないでしょうか。
フローリングの張替えとなると、5?10万くらいかかりますが、パーツ取替えできるようなフローリングなら安くなることもあります。
まずは修繕用のクレヨンやパテで誤魔化す方法を試してみてください。
どこまで綺麗にできるかわかりませんが、請求される金額が大きそうなのでやってみるといいと思います。
次からはフェルトシートなどを張っておくと安心ですね。