jQueryは条件に当てはまるもの全てに対して適用されます｡
tdのclickで

$(this).children('td').children('input[type=checkbox]')

は､｢配下の(すべての)tdの配下の(すべての)ﾁｪｯｸﾎﾞｯｸｽ｣というあつかいになるので､

<tr><td>1回</td>
 <td>1問</td>
 <td>赤いのはどれか<BR>
 <input type="checkbox">a りんご<BR>
 <input type="checkbox">b みかん<BR>
 </td>
</tr>

だと､ﾁｪｯｸﾎﾞｯｸｽすべてが対象になります｡

じゃあどうすればいいかというと､一例として､ｸﾘｯｸの適用範囲をspanでくくって､その配下のみで処理を完結させるとかがあるかと｡

<tr><td>1回</td>
 <td>1問</td>
 <td>赤いのはどれか<BR>
 <span class="checkItem" ><input type="checkbox">a りんご</span><BR>
 <span class="checkItem" ><input type="checkbox">b みかん>/span><BR>
 </td>
</tr>

で､

$('span .checkItem').click(function() {
 var c = $(this)..children('input[type=checkbox]');
 if(c.prop('checked'))
 c.prop('checked', '');
 else
 c.prop('checked', 'checked');
}); 

とか｡

とはいえ､jQueryを使うこと自体が目的ではないのなら､
単純にHTMLのLabelを使ったほうがいろいろ楽じゃないかとおもいます｡
ﾗﾍﾞﾙ <LABEL> - HTMLﾀｸﾞﾘﾌｧﾚﾝｽ/Tips