日経とYahooのPERが違うのは､予想利益として使っている数値が違うからです｡
Yahooは会社予想の純利益からPERを出し､日経は記者が独自に算出した純利益予想からPERを計算しています｡予想ですので､会社側が想定している利益額と記者が予想している利益額が違ってくるためにPERも異なります｡
次にﾛｲﾀｰのPERですが､こちらは実績値を基に計算しています｡例で挙げられている神戸物産の場合は､Yahooと日経は2014年10月期決算の予想数値を基にしていますが､ﾛｲﾀｰは2013年10月期の実績値を基に計算しています｡さらにﾛｲﾀｰはPERを計算する際の株価も(おそらく)現在の株価ではなく､その決算が出された当時の株価､あるいはその年の平均株価等を基にしていると思われますので､結果としてPERが大きく異なることになります｡