AppStoreでの審査では，ﾚﾋﾞｭﾜによって
審査観点が微妙に変わってくるため絶対に大丈夫とは言えませんが
一般論でいえば以下のような回答になると思います｡

* 広告や自社用のFacebook,Twitterを外す必要があるか？
広告に関するAppStoreのﾚﾋﾞｭｰｶﾞｲﾄﾞﾗｲﾝによると
Facebook,Twitterのﾘﾝｸは残しておいても特に問題ないようです｡

引っかかるﾎﾟｲﾝﾄとしては
｢人為的にｲﾝﾌﾟﾚｯｼｮﾝ数を増やしたり､広告のｸﾘｯｸｽﾙｰを行うｱﾌﾟﾘはﾘｼﾞｪｸﾄされます｣の部分かと思います｡
広告がﾍﾞﾀﾍﾞﾀ貼り付けてあって趣旨が分からないような状態であれば
ﾘｼﾞｪｸﾄされる可能性はあるのではないでしょうか｡

* iOS端末のみ広告を非表示にする
ﾕｰｻﾞｰｴｰｼﾞｪﾝﾄを使えばｱｸｾｽ元の端末種別を取得できます｡
JavaScriptからﾕｰｻﾞｰｴｰｼﾞｪﾝﾄを取得出来ますので
取得したﾕｰｻﾞｴｰｼﾞｪﾝﾄの値をif文で評価して広告の表示/非表示を
制御すればご所望の内容も実現できます｡

ｽﾏｰﾄﾌｫﾝ JavaScript ﾕｰｻﾞｰｴｰｼﾞｪﾝﾄ振分け