ﾛｹｰﾙの問題だと思います｡
Windowsだと標準がcp932になっていてutf-8のﾌｧｲﾙをそのまま扱えないのでしょう｡

なんとなく

import re

の前に

import locale
locale.setlocale(locale.LC_CTYPE, 'ja_JP.UTF-8')

とでも挿入すればﾃﾞﾌｫﾙﾄが変更されて解決しそうな気がします｡

もしくは､

with open('jawiki-latest-stub-articles.xml','r') as wiki_stub_articles:

を

with open('jawiki-latest-stub-articles.xml','r', encoding='utf-8') as wiki_stub_articles:

など､3ヶ所の｢with open(?) as ?:｣を｢with open(?, encoding='utf-8') as ?:｣と､読み書きがutf-8となるよう指定してみてください｡

参考：
http://d.hatena.ne.jp/kakurasan/20101103/p1
http://docs.python.jp/3/library/io.html#text-i-o
http://docs.python.jp/3/library/locale.html#locale.setlocale