そのコマンドプロンプトで、python -v して 3.5.1 が返ってくるなら、原因はこれかしら。
Daemon Mode
wsgi_modはデフォルトで「Embedded Mode」になっている。
ApacheでPython3+Django ~Mac~ - Qiita
「Embedded Mode」はApacheを再起動しないとpythonファイルが更新されない。
pythonの修正を即時に反映させるためには、「Daemon Mode」に設定する。
もし、コマンドプロンプトで 3.5.1 が返ってこないなら、PATH で .pyenv よりも /usr/local/bin の方が先になってるからとか。
基本的に apache 起動時の path が、参照される思うのですが、root ユーザ や apacheユーザで
which python
とか
python -v
してみるとどうなるでしょうか?
今回の本質的な解決方法としては、mod_wsgi の設定を httpd.conf で、WSGIPythonHome の設定するのが良いでしょう。
/home/foo/.pyenv/versions/3.5.1/bin/python であれば、
<IfModule mod_wsgi.c>
WSGIPythonHome /home/foo/.pyenv/versions/3.5.1/
</IfModule>
のように Pythonのホームも定義することで、指定された python が使われます。
mod_wsgiはビルド時に使用するpythonバイナリを指定します。
WSGIPythonHomeなどは使用するライブラリなどを指定するためにあります。
参考: https://code.google.com/archive/p/modwsgi/wikis/QuickInstallationGuide.wiki
理由としてはshared libraryを使用するからっぽいですね。
こっちも参考に: http://qiita.com/methane/items/bf0b74550bee125cdea4
yumに3.5用のmod_wsgiがなければ自家ビルドするしかないと思います。