新しくできた地名(または住所)で､まだ郵便番号が割り振られていないものが該当するのではないでしょうか｡
国土地理協会の地名更新情報を見てみますと､例えば2016年1月更新分では｢宮城県加美郡加美町字下原前｣が981-4200となっています｡
公益財団法人国土地理協会 -地名変更情報：過去の地名変更情報-
郵便番号検索ｻｲﾄで見ると､加美町に下原前という字(あざ)は表示されません(下原や北下原ならあります)｡よって｢以下に掲載がない場合｣に該当し､981-4200になっているのだと思います｡
宮城県 > 加美郡加美町 - 日本郵便

国土地理協会の更新情報で郵便番号末尾が00となっていても､郵便番号検索すると割り振られているものもあります｡例えば上の更新情報ﾍﾟｰｼﾞでは静岡県静岡市清水区新丹谷が422-0000となっていますが､郵便番号検索すると424-0107が表示されます｡こういったところは当初00扱いだった場所に番号が新たに割り振られたのではないかと思われます｡
また今まで地名はあっても誰も住んでいなかった場所に新たに住む人が増えて､郵便番号を割り振る必要が出てきた場合も同じような扱いになるのではないかと想像します｡

こちら､日本郵便のﾍﾟｰｼﾞ｡

郵便番号を設定する際に､代表の郵便番号(郵便番号簿における"上記に記載がない場合"に該当する郵便番号)となった場合､ｶｽﾀﾏﾊﾞｰｺｰﾄﾞは付番しません｡
代表の郵便番号は下記の例のように､郵便番号の下2けた(6?7けた目)が原則として"00"となります｡

郵便番号･ﾊﾞｰｺｰﾄﾞﾏﾆｭｱﾙ ﾊﾞｰｺｰﾄﾞに必要な文字情報の抜き出し法 - 日本郵便

ｶｽﾀﾏｰﾊﾞｰｺｰﾄﾞなんてものがあると､それを扱うｿﾌﾄやｻｰﾋﾞｽなんぞがあるもので｡

2.郵便番号判定
郵便番号が行政区代表郵便番号(郵便番号の下2桁｢00｣)の場合は､郵便料金の割引の適用を受けられません｡そのため､郵便番号判定を行い､効率的にｶｽﾀﾏｰﾊﾞｰｺｰﾄﾞを生成いたします｡

公益財団法人国土地理協会 -住所ﾏｽﾀｰ関連商品：全国町･字ﾌｧｲﾙ対応 ｶｽﾀﾏｰﾊﾞｰｺｰﾄﾞ付番ｼｽﾃﾑ-

ただ｢行政区代表郵便番号｣という呼び方が正式名称かというと､ちょっと怪しくてこのﾌﾚｰｽﾞで検索しても日本郵便のﾍﾟｰｼﾞはﾋｯﾄしません｡

同じくｶｽﾀﾏｰﾊﾞｰｺｰﾄﾞに関するところですが､こんな記載をしているところも｡

2．郵便番号の下2桁以上が｢0｣の場合(例 530-0000､530-9200等)
00や0000は住所の一部に不備があるために郵便番号が不明扱いになっているもので､この場合は､ｶｽﾀﾏｰﾊﾞｰｺｰﾄﾞを印字しない規程になっています｡

http://www.shinei-dm.co.jp/ycustomer.htm

振り返って､さきの日本郵便のﾍﾟｰｼﾞで例として挙げられている｢和光市｣｡

http://www.post.japanpost.jp/cgi-zip/zipcode.php?pref=11&city=1112290
例えば､松ﾉ木島町は､〒 351-0116 ということになってます｡

http://www.city.wako.lg.jp/home/kurashi/sangyou/yuusisien/_9788.html
〒351-0116 埼玉県和光市新倉7-9-37(和光市工業団地内)

http://www.city.wako.lg.jp/home/kurashi/kosekizyuumin/zyuukyohyouzi/gyo_19_1.html
和光市では平成16年11月に住居表示の変更が行われています｡
松ﾉ木島町は､新倉七丁目か八丁目に町名変更されています｡

郵便番号の割り振りが町名変更なんかに追いついていないんじゃないでしょうか｡
日本郵便のﾍﾟｰｼﾞで新しい町名で検索しても郵便番号は特定できない､と表示されます(これは､当然か)｡

それでも､郵便番号をつけて発送しなきゃいけない(全国各地に発送をするような仕事とか)｡
そういうときに､末尾が 00 の郵便番号が使われるのだと思います｡

また､具体的にこの町域は郵便番号の下2桁が｢00｣だよという住所をご存知でしたら教えて欲しいです｡

新島にある｢ふれあい農園｣というところの郵便番号が下2桁が 00 みたいです｡
ふれあい農園 - Google ﾏｯﾌﾟ
〒100-0400 東京都新島村本村､東京都新島村ﾐｺﾉﾊﾅ

｢ふれあい農園｣のﾍﾟｰｼﾞ｡
https://www.niijima.com/facility/community/farm/facility.html
所在地 〒100-0400 東京都新島村字御子の花465番地

でも､当の｢ふれあい農園｣のﾍﾟｰｼﾞでも､｢〒100-0402 東京都新島村字御子の花465番地｣と書かれているﾍﾟｰｼﾞも｡
〒100-0402 は新島村本村の郵便番号です｡
http://www.niijima.com/facility/community/farm/imo/contact.html
http://www.post.japanpost.jp/cgi-zip/zipcode.php?pref=13&city=1133630

地域的にも､｢ふれあい農園｣(というか､字御子の花)は新島村本村の一部なんですが｡
〒100-0402 東京都新島村本村 - Google ﾏｯﾌﾟ