Safari対応が難しい理由､というわけではないのですが､私の場合､下記のような理由でSafari対応していないことが多いです(意図が違っていたら申し訳ありません)｡

自分のWEBｻｲﾄを閲覧しているﾕｰｻﾞｰがよく使っているﾌﾞﾗｳｻﾞを見てみると､Safariより､ChromeやFirefoxが多い､ということがあります｡
なので､上位3つのﾌﾞﾗｳｻﾞのみに対応しよう→利用者がよくつかっているﾌﾞﾗｳｻﾞはChrome→Firefox→IEだから､この3つのみ対応しよう(=Safariは対象外)ということになります｡

※ご存知の通り､ﾌﾞﾗｳｻﾞによってちょっとずつ挙動が違います｡すべてのﾌﾞﾗｳｻﾞに対応できるのが(ﾕｰｻﾞｰのことを考えると)一番良いのですが､なかなか手間がかかるのでそれはできない･一部のﾌﾞﾗｳｻﾞのみ対応する必要がある､という状況であるという前提です｡
WEBｻｰﾋﾞｽを作っている会社の場合､↑の前提があることがほとんどです｡