結論としては2,3でいいと思います。Suicaカード発行時に払った500円(デポジット)は、iPhoneに登録した際に電子マネーとして加算されます。そのため、1をしても500円は戻ってきません。自宅で保管して何かの時のため(携帯を紛失したときとか)に使うのもありかもしれません。参考:http://appsuica.okbiz.okwave.jp/faq/show/191?category_id=13