その｢多々ある｣という見られない PDF の具体例と､ご自身で使っている Google Chrome のﾊﾞｰｼﾞｮﾝを提示しないと､話が進まないように思います｡
どんなｻｲﾄを見るかは個人でかなり差があると思いますし｡

ぼく自身の体感では､Firefox を使っている範囲では､特にみられない PDF が増えた､という感じはなく｡
というよりも､見られない PDF は最近あったっけ､くらいの感じです｡
ぼくの日常だと､PDF をよく見るとしたら､官公庁かそれに類するｻｲﾄ(JRみたいな)くらいなのですけれど､特に困っていません｡

Acrobat Reader 自体をｲﾝｽﾄｰﾙしていないので､それぞれのﾌﾞﾗｳｻﾞで持っている PDF.js の実装次第による､というところですが､PDF を表示する側が使っている (Reader ではない)Acrobat､もしくは､仮想ﾌﾟﾘﾝﾀの PDF Writer の類な何か､に寄るでしょう｡
PDF を出力する側が何かのﾊﾞｰｼﾞｮﾝｱｯﾌﾟをしているけれど､表示側が追い付いていない､みたいなことは可能性はあります｡


あと､AdBlock 系のｱﾄﾞｵﾝを使っているかどうかも関係するかも｡
ぼくは､Firefox で uBlock Origin を使ってますが､誤爆は無さそうですけれど｡

他にも起こっている人がそれなりにいるみたいなのでﾌﾞﾗｳｻﾞ側の問題のようです｡Googleが用意したｱﾌﾟﾃﾞ用のﾌﾟﾛｸﾞﾗﾑに何らかのﾊﾞｸﾞが混入していたという可能性が高そう？｡

https://rcmdnk.com/blog/2019/09/12/computer-chrome/
(2/4 最終更新の記事)

http://www.miyakyo-u.ac.jp/news/other/chromepdf.html
(2/27 10時頃収集されたﾍﾟｰｼﾞ)

https://snsdays.com/other/chrome-pdf-file-not-see/
(2/27 14時頃収集されたﾍﾟｰｼﾞ)
ただし､｢Chromeも既知の問題と報告をしています｣の部分はちょっと違うみたいですが…
# ﾘﾝｸ先はかなり昔から存在する記事のようですから内容としては
# 本家adobeと完全互換ではないため表示に失敗するものがたまにあると読むべきで
# 新たに発生した問題をGoogle側もきちんと把握していますのように読むべきではない

解決策になりそうなのは一番上のﾘﾝｸ先で紹介されている方法かと思います｡他で提唱されている方法､例えばｷｬｯｼｭのｸﾘｱなどは所詮は｢おま環｣対策に過ぎず､不具合が広く認められているらしき事実がある以上､今回の問題に対する有効策とはなりえないでしょうから｡