サブアカウントが作成された当初の目的である「用途に合わせて複数のダイアリーを持ちたい」という点に関しては、既に「はてなダイアリー」や「はてなブログ」などにおいて複数ブログ機能が実装されているため、現時点では当てはまりません。
※「はてなダイアリー」は有料オプションであるプラス機能を使用することで可能、「はてなブログ」はデフォルトで3個・有料オプションであるプラス機能を使用することで10個まで所有可能。
一つのアカウントで複数のブログを利用する - はてなダイアリーのヘルプ
はてなブログを管理する(ダッシュボード) - ヘルプ - はてなブログ
そのため「サブアカウント」の意義については、特定のはてなIDに縛られずに活動したい際に使うという形になっているものと思われます。
「はてなグループ」を使えば、確かに「はてなダイアリー」の有料オプションや「はてなブログ」を使わずとも複数のブログを所有することはできますが、はてなIDは固定になっているため、どうしても単一のはてなIDに縛られてしまうことになります。
なお、補足に書かれている点ですが、
メインとサブアカウントを使って、複数人が他の質問者や回答者の批判をするように見せかけたり、回答拒否の数を稼いぐために使っているのではないか、という疑問です。
コメント等にもありますが、メインアカウントとサブアカウントを使って自作自演(メインで質問し、サブで回答する)を行うことはできません。
また、メインで回答した質問にサブで別途回答することも現状はできなくなっています。
複数アカウントの利用制限を強化しました - 人力検索はてなの日記 - 機能変更、お知らせなど
ただし、「複数人が他の質問者や回答者の批判をする」という点に関し、コメント欄については上記の回答欄のようなアカウント制限が行われているかは不明です。
また、回答拒否に関しても可能性としてはありえるのではと思われます。
以前は、匿名で質問という機能がなかったからです。
つまり、匿名のように 他人に質問していることを知られたくないというようなことを 質問する場合に用いていました。
ただ サブアカウントは、質問だけでなく、ダイアリーなど ほかの用途にも使えますけどね。
http://d.hatena.ne.jp/keyword/%A5%B5%A5%D6%A5%A2%A5%AB%A5%A6%A5%F3%A5%C8
1. メインがサブの質問に回答
2. サブがメインの質問に回答
3. サブが(別の)サブの質問にんに回答
のようなことはできないため、質問者さんが言っている「自作自演」はサブアカウントで行うことができません。
本当に「自作自演」をするのならば、利用規約で禁止されているメインアカウントを複数所持するしかありません。
自分の質問に自分で回答したら自作自演になりますから。
サブアカウントでは自作自演はできませんね。