メインフレームからもらうデータに空白

んと

空集合をΦをかきますがそれと関係ないでしょうか？
http://www.sdi-net.co.jp/sdi_060.htm

追加です

メインフレームからのデータがらみの　システム連携もしてました。

メインフレームとのシステム連携の仕様がどのようになっているかによると思いますが、メインフレームは、各社によって文字体系が異なりますから、仮に受け側がEUCだとしても変換プロをかませるはずです。（各社仕様の）
メインフレーム側のシステムデータが連携を意識されたもので無い場合や、blankとnullがデータとして混在していてもokだったりすることや、またメインフレーム側の文字コードが固有の利用をしている場合は
変換時にうまく変換できていない可能性があります。

つきつめてデータを検証する場合は、２，３の対象とするデータを指定してメインフレーム側の文字コードを示してもらい、変換後きちんと変換されているのかどうかを調べるような　地道な作業が必要だと思います。