.htaccessなどの.で始まるファイルがFTPクライアント上では見えなくなります。（mac osxでNetfinder、Fetch利用）

まず、FTPソフトなりの表示形式を確認してください。

一つ目のURLに書いてあります。

知っている限りでは、Apacheには .htaccess の設置を許可するしないの設定があったような気がします。AllowOverrideかな。

<Files などで、「.」ファイルが不可視とかになってるっていうことなのかな…

なんか曖昧で申し訳ない。。

こちらどうぞ。

apacheの設定で.htaccessなどのファイルにアクセスできないような設定にすることはできますが，それはHTTP経由のアクセスでなければ有効ではないので，FTP経由のアクセスでそれらのファイルが見られないのであれば，利用しているFTPサーバの設定で，ファイルの可視・不可視が設定されているのだと思います．参考URLには，Apacheでの不可視ファイルの設定方法と，FTPサーバの設定方法（FTPサーバによって異なりますが一例として）を載せています．

こちらどうぞ。

FTPサーバ(wu-ftpd,ProFTPdなど)での設定によっても見えなくすることができます。

なお，FTPを使っているぶんには通常は，WebサーバであるApacheの設定とは関係ないと思います。

私も原因分からないんですが、Fetch(4.x)では「.（ドット）で始まるファイルを…」の項目をどうやっても、表示できないですね。

NetFinderは、「不可視ファイルを表示」と同時に「エイリアスの代わりにオリジナルを…」をチェックすると表示されるようになります。前者だけでは、なぜか表示されないです。