特に下記のJava関係でハマるはずなんですが。
・ライセンス問題
・FHS準拠のせいでディレクトリが分散してどこに何があるかわからない
・J2SDKのインストールが困難
・パッケージ名は j2se-package mpkg-j2sdk java-package のどれ？
・TomcatとApacheの連携
このあたりをまとめてあるところはないでしょうか。
No.1
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無料WEBグループウェア Group Session サポートサイト
ここにはBBSもあるようです。
できなければ、こちらで聞かれてみては？
http://ito-web.dip.jp/server_conf/groupsession.html
GroupSessionのインストール
ここにもいろいろ書かれていました。
No.2
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質問の全てには答えられていませんが、J2SDKのインストールからTomcatとApacheの連携まで述べられています。ただ、Tomcatはdebパッケージを使っていないようです。
中途半端で申し訳ありませんが何かのご参考になれば。
そのページの最初にあるURL（http://www.stud.uni-karlsruhe.de/~ude2/debian/）がいきなりNot Foundなのです。
次に進めません…
別にパッケージではなくソースからインストールしてもいいのですが、Debianですからパッケージ管理できた方がいいなと思いまして。
No.3
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何度もすいません。
ろくに確認もせず、使えないサイトを紹介してしまいましたので、また書きます。
ポイント不要でかまいません。
こちらでは、FHSやTomcatのaptを使ったインストールについても書いてあります。
ありがとうございます。
そのページには
>java-packageはsargeに含まれるので
とありますが、新規インストールしたsargeを使っているのですが、apt-cacheで探しても見当たらないのですが、どうなってるのでしょうか。
sidから持ってきても大丈夫ですかね？
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１つめのURLの掲示板で聞くのは最後の手段にしようと思っているのです。
２つめのはrpmとか使ってるので残念ながらRedHat系ですよね。