Windows2003Serverでデータファイルを定期的（一日2回程度10時とか17時）にフォルダ毎ＭＯにバックアップする方法を教えてください。

ファイル管理ソフトを使用するのが一般的です。

定期実行に関しては常駐型の管理ソフトの機能で行うか、タスクスケジュールを使用する事になります。

私は上記URLの「Backup」と言うソフトを利用させて頂いてます。

フォルダ毎のバックアップが可能ですし、更新分のみバックアップが可能の為、一度バックアップした後は実行時間が短くてオススメです。

定期的な実行ですが、分単位のタイマ設定がありますので１０時丁度といった実行は難しいかも知れませんが、一日２回の要件は満たしていると思うのですが、如何でしょうか？