ひとつ、ドメインを持ってサイトを運営しています。その中にたくさんのデイレクトリを設け、それぞれのデイレクトリにたくさんのファイルを置いています。現在、デイレクトリ毎にアクセス制限を掛ける必要があるため、各フォルダに.htaccessと.htpasswdというファイルを置いて、パスワード等を使用していますが、サイトを利用する不特定多数の人が二つ以上のデイレクトリにアクセスする場合、「ブラウザーに以前のパスワード等が表示されたものを、一端削除して別のパスワード等を入力するという煩雑な作業をしなければなりません」

ちょっと意図が汲み取れないので誤解しているかもしれませんが

・全てのディレクトリのユーザ名とパスワードを同一にする

　⇒フォルダを移動するたび認証ダイアログは出ますが、同じユーザとパスワードでOKなので「一旦削除」する必要がなくなります

・公開ディレクトリの上位フォルダを作り、そこにのみ.htaccessで認証をかける

　⇒一度認証すればどのディレクトリも参照可になります。

ディレクトリごとに異なるユーザ／パスワードで認証させたいのであれば、「一旦削除して」という作業は飛ばせないでしょう。

「この作業をしなくても良い」というのは、認証しなくても良いということになってしまいます。

パスワードファイルを同じにすればよいのでしょうか？

間違った解釈であればすみません。

[ 元ファイル ]

AuthUserFile /home/hogehoge1/.htpasswd

[ ファイル１ ]

AuthUserFile ../hogehoge1/.htpasswd

このように上の階層に移動し、参照を行う。

パスワードファイルは共有してしまって、ディレクトリ毎に許可するユーザを指定すればいいのではないでしょうか。

ディレクトリ1

Require user user1 user2

ディレクトリ2

Require user user2 user3

user2は、両方のディレクトリで許可されているので、ディレクトリを移っても大丈夫な気が。

グループを使えば、もうちょっとスマートかも。