基本的な質問なのですが、個人事業主の確定申告の際、買掛金は損金不算入になると思うのですが、売掛金は益金に算入されるのでしょうか？また、確定申告の際、個人事業主と会社2つの計3つから収入がある個人はどのように確定申告をすればよいでしょうか？宜しくお願いいたします。

日本の会計原則では、発生主義取っているため、買掛金を損金に不算入にするということはありません。買掛金が発生しているものについては、資産計上されているためです。

逆の意味から売掛金も計上する必要があります。

URLの確定申告書作成コーナーを使えば、指示通りに数字を記入していけば確定申告書ができあがりました。

買掛金は負債の部、売掛金は資産の部（収益の部ではありません）になります。

>確定申告の際、個人事業主と会社2つの計3つから収入がある個人はどのように確定申告をすればよいでしょうか

これは、Aさんが個人事業主で、このAさんが、別のBさんという個人事業主からお金をもらい、C社とD社という2社から給与をもらっているということでしょうか。

個人事業主さんからもらったお金は「営業等」として記入し

給与は「給与」と記入します。

青色申告の場合、損益計算書と貸借対照表は、給与以外でもらったお金と、そのお金を得るのに必要だった必要経費を記入し作成します。

できたら、売上金の入ってくる口座と給与の入ってくる口座を別にしたほうが、分かりやすくてよいようです。

私も個人事業主なのですが（普通の個人事業主としての売上と給与がありました）、青色申告用ソフト（帳簿ソフト、これで日々のお金の出入りを記帳します）＋国税庁の確定申告書作成コーナーで、すんなり確定申告書類を作成することができました。おすすめです。