本や雑誌の目次内容を入力しておき、それを後で検索できるような整理ソフトはありませんか？FileMakerやAccessで簡易データベースを作るという方法もありますが、フリーウェアやシェアウェアでも存在があるなら試用してみたいです。よろしくお願いします。

質問を拝読すると、蔵書の管理という考えをしない方がよいかもしれません。

URLはスキャナ取り込み→OCR→テキストのインデクス化をしてくれるソフトです。(スキャナは必要ですが)

これで、表紙と裏表紙(またはカバー)と目次を取り込んで検索できる様にする、という手法も考えてはどうでしょうか?

OCR→テキスト付きPDF化というソフトは色々ありますので、検索はAcrobatReaderで済ませるのも1つの手です。

ISBNをデータに入れておきさえすれば、本のデータはAmazonなどからでも引っ張ってこれますし。

蔵書の管理ということでいうと、このあたりのソフトでも備考欄に目次内容を入れておけば、検索はできます。

こちらで自由に管理するというのはどうでしょうか。

研究者のための文献管理ソフトです。本来Pubmedなどのデータベースを自動で読み込んで使うものですが、手打ちで内容なども管理できます。いかがでしょうか。

Openofficeorg2.0ベータの新機能でデータベース作成がこれまでより簡単にできる様になっています。

こういうソフトはどうでしょうか。