新宿、渋谷、もしくは京王線でしっかりした禁煙席のある居酒屋を探しています。２名のみなので、なるべく個室は避けたいです。なかなか検索で探せないので、おすすめのお店を教えてください

禁煙席あります。

いい感じです。

これらはどうでしょう？

まずは乱暴に検索サイト

完全禁煙

新宿・東口の「三国一」はどうでしょうか?

上記URLの情報によれば、

４階禁煙席(全40席)の利用時間帯

・平日 18:00ごろ～23:00(閉店)

・土日 17:00～23:00(閉店)

とのことです。

場所は、こちらのようです。

ここはいかがでしょうか？新宿、渋谷などにお店があります　（新宿店の場合）全席禁煙ではありませんが、完全に分かれています　また個室ではなく小さな席が３～４つぐらいあります　結構くつろげ、ゆっくりとお酒を飲むことができると思います。ただ平日でも結構混むので事前に予約することをお勧めします　

ここの居酒屋はお客様第一主義な、居酒屋なのでいいですよ。　　禁煙席で個室じゃない席お願いしますと言えば席を作ってくれますよ。また全国展開してるので色んなところにもあるから探しやすいと思います。

私は日本海庄やがお進めです。