グループポリシーでレジストリのキーを指定して書き換えたいと思っています。

レジストリキーの変更が目的であればまったく別の方法になってしまうのですが【ログオンスクリプト】を使用してレジストリを割り当てる方法があります。

上記コマンドをログオンスクリプトに含ませて実施すれば確認メッセージも表示されないので正常にあたります。またログオンスクリプトにしておけばユーザごとに割り当てが効きます。

失礼致しました。

スタートアップのスクリプトではうまくいきませんか？ご指摘いただいた通り、ログオン/オグオンフ スクリプトはそのログオンしたユーザ権限にて実行されます。スタートアップ/シャットダウン スクリプトはLocal System アカウントで実行されるようです。

似たような討論をされた記事を見つけました。ご参照ください。