ネットショップの運営を考えています。決済代行が提供するサービスを自前で用意するのはどれくらいの初期費用、運用経費がかかるのでしょうか？

自分のネットショップであれば、その程度で良いかと思います。

決済代行を利用する理由として

手間がかからない。

カード情報を持たなくて良い。

（カード情報をもっていると情報漏洩など無駄にリスクを負うことになります）

管理ページがあるので楽。

様々な決済を一つの管理システムでつかえる

等があると思います。

間違っていたらごめんなさい。

レンタルのショッピングカートと組み合わせた決済サービスとかどうでしょう？

ショッピングカートの方はお試しで２週間使えて

月額利用料500円・年間利用料5,000円です。

商材や客層によって違うと思いますが

ネットショップを使い慣れていないような客層を狙う場合は

郵便局の口座（振込手数料が安いのでお客様が利用しやすい）

と「代金引換郵便」なども選択肢に入れておくと良いかと思います。