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60pt
http://sqs-xml.sourceforge.jp/
このようなソフトはいかがでしょうか。ScanSnap対応と記述があるわけではありませんが、１つのフォルダに読み取った画像ファイルが揃っていればよさそうな記述でしたので使えるのではないかと思います。
オープンでフリーなソフトですので一度試されてみてはいかがでしょうか。
http://www.moritanoeigo.sakura.ne.jp/wiki/wiki.cgi?page=%A5%...
ちなみに、こんな情報も見つけましたがこのソフトのライセンスは教育かつ非営利限定のようです。
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ご回答ありがとうございます。
質問には書いてはいなかったのですが、基本的にフリーソフトやシェアウエアではなく、パッケージのソフトをご紹介いただければありがたいです。