探査衛星のようなものすごい遠くに行っちゃったものはどうやって制御しているのですか？

電波での遠隔操作です。

当然リアルタイムに遠隔操作できるわけではありませんから、「○○しなさい」というような仕事(ジョブ)を条件付けして行わせる(バッチ処理)ことになりますが。

「宇宙へのパスポート(3)」で「はやぶさ」の小惑星「イトカワ」へのランデブーのときの状況が詳しく書かれています。

http://www.amazon.co.jp/gp/product/4257037261/503-7240760-24...

これで参考になりますか?

基本的には電波による遠隔操作です。

しかしそれでは信号のやり取りに数十分～数時間掛かってしまいますので、自律航行機能を備えています。

http://www.isas.ac.jp/j/enterp/missions/hayabusa/subject_2.s...

たとえば、小惑星探査機「はやぶさ」は電波による制御だけでは時間が掛かりすぎるので、さまざまな自律機能を備えています。

遠く離れた小惑星に、探査機が自ら判断して近づく「自律航法」を実証します。

カメラやレーザ高度計のデータをもとに、小惑星との距離を測りながら、近づいていきます。

http://www.jaxa.jp/missions/projects/sat/exploration/muses_c...

地図をたよりにお使いに行くかんじですね。

http://www.misu.org/research/

くわし～い解説

やっぱり電波で制御信号を送っています。

信号を送っても何十分も後に受信されることや、その返信は更に遅れてやってくることを見越して指令を送るのです。

他惑星に行って写真を送ってくる、という程度のオペレーションならば、たまに通信すればなんとかなります。でも小惑星に着地（落下ではなくて）する、というような計画では、探査機がいろんなことを自分で判断する必要が出てきます。

小惑星「イトカワ」に到達した探査機「はや...