ベンチャー企業のＣＦＯをしています。

「べき」というのが難しいですが。

現在の会社体制で継続していくのであれば，特に旧法と異なる決議すべき事項はありません。

法的に必要な定款の変更などは職権で行われています。

最低限すべきは，計算書類の内容の報告・承認，

来期の役員報酬額（今期と変更がなければそのままでも可），

任期を満了する取締役などがいるならば取締役の選任，

利益処分を行うのであればそれについての決議です。

http://www.njg.co.jp/blog_hamabe.html?itemid=128

御社の状況が分からないので何とも言えませんが、定款変更は会社法に合った文言に修正しておいた方がよいでしょう。

例えば「発行する株式の総数」を「発行可能株式総数」に修正する等。

あとは会社に設置する機関を定めたり株券を発行している場合は株券発行に関する条文を入れたり等、説明するときりがないくらいあります。

上場企業が参考にする株懇の定款モデルを紹介します。

http://www.kabukon.net/pic/9_1.PDF

ただ、未上場の会社の場合だと適合しない部分も多いので東京商工会議所が公表している定款モデルもご参照ください。

http://www.tokyo-cci.or.jp/sansei/seisakunavi/houki/teikan.html

あとは総会決議ですが、大きく変わったのは今までの利益処分や損失処理の決議がなくなりました。

利益処分案や損失処理案の作成もなくなり株主資本等変動計算書の作成が必要となっています。

ただし、役員賞与や配当をする場合は剰余金処分案として決議を取る必要はあります。

その他、細かい点でいろいろと変更点はあります。

スケジュールや手順も若干ですが変更点があります。

きちんとやるのであれば専門家にご相談されるのがよいかと思われます。