おそらくDreamweaverのバージョンは、MXです。
CSS＋XHTMLで構築したらしいのですが、MXはCSS＋XHMLに対応しているのでしょうか？
ホームページビルダーでも同じ現象が起こっています。
でなければ、ずれる理由はなんなのでしょうか？
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DreamweverMXでは、XHTML+CSSで作ったサイトはプレビュー画面で崩れてしまうと思います。
ブラウザで反映して見るしか動作確認はできないと思います。
ホームページビルダーも同様に対応されていないと思います。
最新版のDreamwever８ならばある程度対応されています。
（やはり一部崩れたりはします）
体験版が出ていますので、こちらで試されてみてはいかがでしょう。
CSSで作成されたサイトは、作成ツールのプレビューで見るのではなく、やはりブラウザ（Firefoxがおすすめ）で確認するのがベストです。
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ありがとうございます。
8だとしっかり動く（表示される）んですよね。
といって、やっぱりDreamWeaverで作るとSEOとかめんどくさいし何より管理が面倒・・・。
いずれ、Dreamweverの方が対応できるようになるのでしょうね。
FireFoxの編集機能で編集するのが一番よいと思いました。