googleの検索機能を自分のサイトに追加した際に検索するドメインを複数設定する事は可能でしょうか？

googleの検索機能を設置して検索を行った場合、通常のサイト内検索（キーワード　site:xxxxx.xx）での検索に置き換えられるだけですので、複数のドメインを同時に検索することはできないと思いますが、個別に検索するドメインを複数指定することは、Google フリー検索 (カスタマイズ版)を使用すれば可能だと思います。

[Google フリー検索 (カスタマイズ版)]

http://services.google.com/freesearch/ja

[よくある質問 -- Google フリー検索 (カスタマイズ版) 6. 検索対象として指定できるドメイン数を教えてください。]

http://www.google.co.jp/intl/ja/faq_freewebsearch.html#site6

http://www.google.co.jp/intl/ja/faq_freewebsearch.html#site6

Googleフリー検索のカスタマイズ版を使用すれば、

特に上限を気にせずドメインを複数設定できるようです。

カスタマイズ版といっても、ドメインを設定するだけであれば

面倒な操作は必要ありません。

また、フリー検索なので当然無料です。