NTTドコモはどうしてクローン携帯の存在を認めようとしないのでしょうか?クローン携帯の存在を携帯電話会社が認める事でどのような不都合があるか、詳しく教えてください。

クローン携帯は作られていないので、作られていないと言っているだけですよね。
http://www.yomiuri.co.jp/national/news/20061123it01.htm
読売新聞の記事も使用中止になったＦＯＭＡカードが海外に流出したと書いています。
何処にもＦＯＭＡカードが複製されたと書いていません。

問題点は、ＦＯＭＡカードの海外への流出を阻止できなかった。
ドコモがＩＣカードの識別番号を使いまわしていた。
と言うことでしょう。
何処にもＩＣカードが複製されたと書いてませんよね。

ドコモがどのようなプロテクトを掛けているのかはわかりませんが
少なくとも現在は破られていません。
GSM携帯は複製技術が知られているそうですが。
ドコモがＦＯＭＡカードを作る特にはそれがわかっていたはずですので厳しいプロテクトを掛けていると思いますよ。

お断り：あくまで私個人の推測です。
http://www.yomiuri.co.jp/national/news/20061123it01.htm
読みました。またWBS（東京テレビ系列の経済ニュース番組）の
報道も視聴しました。
「ドコモの関係者がクローン携帯という表現を使ったという内容はどこにも無い」
ことに注意する必要があります。もし関係者がそのような表現を
使ったなら、その者の氏名役職なども合わせて報道されるでしょう。
恐らくドコモ関係者は全員一貫してクローン携帯とは認識していないでしょう。
しかし報道側が統一して「これはクローン携帯事件だ」と認識したのが
事態がややこしくなっている原因だと推測されます。

asahi.comを含めクローン携帯が作られたと言う記載は見たことがありません。
http://www.asahi.com/digital/mobile/TKY200611230254.html
Googleのニュースから見たサイトにも「クローン携帯」が作られたと断定した記載はありませんでした。中にはそう言う記事もあるかも知れませんが、クローン携帯が作られたと思っている報道機関は少ないのではないのでしょうか?
http://www.nikkei.co.jp/news/sangyo/20061124AT1D2301V23112006.html
http://www.nikkeibp.co.jp/news/flash/519007.html
http://www.nikkansports.com/general/p-gn-tp0-20061124-120983.html
http://k-tai.impress.co.jp/cda/article/news_toppage/32105.html
http://japan.cnet.com/news/com/story/0,2000056021,20326807,00.htm
ちなみにクローン携帯が作られると言うのは
FOMAカードが複製されたと言う事を指すと思います。
今回複製されていません。