会社の支払いサイトなんですが、例えば100万未満の請求は翌月末払い、100万以上は翌々月末払い、というように分けることは問題ないでしょうか？

合理的理由があれば形は問われないと思われます。

要はつじつまがあって、金銭の流れがしっかり説明できるように。

http://q.hatena.ne.jp/answerダミー

可能です。６ヶ月も先の手形で払うこともあるくらいで。

支払い時期を決めるのに理由なんか要りません。

ただし支払い先には了解を得るのが商道徳だとおもいます。

税務署は所得隠しにはうるさいですが支払いが遅いことに対しては何も言いません。

http://q.hatena.ne.jp/1169192781

全く問題ありません。

ただし、取引先があってのサイトですので、取引先との売買契約書にきちんとその旨明記するのが望ましいと思います。

税務署は基本的に、税金をかけられるものに対して指摘、指導してきます。

支払いサイトがどうあっても指摘される問題ではないです。

http://www.osaka.nta.go.jp/shigoto2/index.html

翌々月払いの場合は、下請代金支払遅延等防止法上の注意が必要です。

貴方の会社の資本金額と取引先の資本金額、購入する商品サービスの種類によって該当するか否かわかれますが、該当の場合には、納品受領から60日以内に支払いをしなければなりません。

翌々月払いの場合、締め日によっては60日を超過することも考えられますので注意して支払い管理した方が良いでしょう。（支払い条件/毎月20日締め当月末日起算翌々月払いの場合：　1月21日納品/受領、1月31日起算翌々月末払い→3月31日支払い→約70日後支払いとなり違法）

取引が下請法に該当するか否か↓

http://www.jftc.go.jp/sitaukepamph.pdf

http://www.jftc.go.jp/sitauke/index.html

http://www.jftc.go.jp/sitauke/act.html

下請代金の支払期日は，親事業者が下請事業者の給付の内容について検査をするかどうかを問わず，親事業者が下請事業者の給付を受領した日（役務提供委託の場合は，下請事業者がその委託を受けた役務の提供をした日。次項において同じ。）から起算して，60日の期間内において，かつ，できる限り短い期間内において，定められなければならない。