現在、非常に大量（３万件くらい）のファイル（１個5ｋ程度）をサーバ間でセキュアに転送することを考えています。

ファイル転送のやり方にもよりますが、

単純に受け取り側サーバから持ってくる動作だけを考慮されているのであれば、

HTTP 通信でことが足りると思います。

それとは別に、

第三者クライアントから A サーバと B サーバ間で転送させたい、

などの要求に応えられるのが FTP 通信の利点です。

その他にも put で送り側からデータを流したい場合など、

ファイル転送の細かいハンドリングが出来るのが FTP の利点であり、

そのために FW などの設定を考慮しなければならないのが弱点であります。

それぞれの利点をまとめると、

・FTP：ファイル転送の細かいハンドリングが出来る

・HTTP：FW 設定などは通常通りで細かい設定を気にしなくて良い

という感じでしょうか。弱点は、双方共にその逆然りです。

FTP の細かいお話はこちらが参考になります。

http://www.atmarkit.co.jp/fnetwork/rensai/netpro11/netpro01.html

また、FTP のコントロール性については、こちらです。

http://www.atmarkit.co.jp/fnetwork/rensai/tcp05/01.html

ちなみに rsync という手もあると思います。

https だと一般の人に配布するならいいですが、特定の環境にコピーするだけだと認証が面倒ですね。

サーバー証明書とか、クライアント証明書とか設定する事になりますし。

あと、今回の用途では問題無さそうですがあくまで HTTP なのであまり巨大なファイルだとタイムアウトしたりします。

反面 sftp であれば認証機能は ssh のものがそのまま使えます。

設定方法も色々なサイトで解説されています。

どちらでも使うことは当然出来ますが、HTTPS だと面倒に感じますね。

>非常に大量（３万件くらい）のファイルをサーバ間でセキュア

　サーバが固定であれば繰り返し通信を行う効率を考えた場合、

　つど認証を行う方式よりすべての通信経路をVPN等で

　暗号化通信したをまず検討したいところです。

http://ja.wikipedia.org/wiki/HTTPS

https/sftpも最後の通信手段は同じ

sftp ファイル転送を主体に考えれらた

　　　　専用プログラムなのでプロトコルがあり

　　　　複数ファイルも簡単に遅れる。

　　　　認証方法も明確、簡単

　https

　→　サーバー側のデータは暗号化されるが

　　 受信プログラムを作成する必要がある

　　 又、転送が正常に完了したか判断しにく

　　 専用の認証や、ファイルシステムへの保存

　　 方法などを個別に作る必要があるが柔軟性がある

　 感覚的には、ファイルをある程度まとめて

　 圧縮して１ファイルにしてVPNで転送、

リモートで一括展開したい感じです。