サイト上に会員登録システムを導入しようと考えています。

とりあえず xoops cube を使うのが簡単だと思います。

http://weblog.buzzmedia.jp/archives/2006/07/xoops.html

？や＆をURLに含まないようにするには、

.htaccess の rewriteモジュール を使ってはどうでしょうか。

http://nai.homelinux.net/apache_rewrite.html

こんにちわ。

PHPでログインシステムを作成することは以外に簡単にできます。すでに公式ライブラリであるREARにAuthというパッケージがあるので、そちらを利用することで簡単に構築できます。ただ、あくまでもログインシステムを作るだけでご質問にあったようなこと（１，４）は別にする必要があると思います。

【１】メールアドレス認証後、本登録

これはさほど難しくはないと思います。簡単にやれば、メールアドレスを入力してもらう欄を作成し、実際にメールアドレスが入力されると、DBにメールアドレスとランダムで作成した文字列を入力します。その文字列をメールアドレス先に送信し、指定したURL＋文字列をクリックさせます。クリックした瞬間、DB内から引数で取得した文字列と照会をかけ、該当すれば登録画面へ、該当しなければ再度メールアドレス入力を促します。この方法だとセキュリティ面が怪しいので、タイムスタンプを発行し、24時間以内に登録させうなどするほうがよいでしょう。

【４】ＵＲＬに ？　＆　等が無いようにしたい。

これはmode_rewriteを使用すれば簡単にできます。たとえば http://localhost/index.php?u=admin をrewriteを使用すれば引数であるuを http://hocalhost/admin/ としてindex.phpに送信できます。ただ、規制の多いレンタルサーバであれば許可していない場合もありますので、確認してみてください。（たしか　さくらインターネットはOKだったと思います。）

http://pear.php.net/package/Auth

http://dozo.matrix.jp/pear/index.php?PEAR%2FAuth

http://q.hatena.ne.jp/1132304878 (1年半前位に私がした質問です)

http://www.phpbook.jp/pear/pear_auth/index.html

参考になれば幸いです。

他の方が回答されているようにPear Authで出来ます。実際に私も10日程度前にやってみました。Xoopsなどをカスタマイズするよりも、よっぽど楽だと思います。ただセキュリティ面はとても心配ですけど。

[1]に関してですが、もし書籍を購入しても大丈夫というのなら

http://www.amazon.co.jp/%E9%80%9F%E5%8A%B9-%E5%9B%B3%E8%A7%A3%E3...

こちらをお勧めします。初心者向けの本ですが、会員制サイトを作る手順を解説してあります。Pear Authを使って認証（ログイン）を実装してあります。メールアドレスに登録用URLを送って、それをクリックしてもらうと「本登録」という仕組みも解説してくれています。ここまで解説しているサイトは見つけられなかったので自分は買いました。

ソースは出版社のサイトからダウンロードできますので、それをそのまま流用して作るとかなり時間が短縮できるのでは？

とりあえず立ち読みしてみてください。

会員制サイト構築については240ページから

「メール認証」については278ページから

となってます。