Linuxのサーバで演算して、複数のファイルを１ファイルにアーカイブ化（LZHかZIPで圧縮もして）しWindowsでの自己解凍形式（.exe）ファイルとして作成する為のLinux側での実装方法を探しています。

TAR.BZ2自己解凍モジュール for Win32 CUI(Windows95/98/Me / ユーティリティ)：

http://www.vector.co.jp/soft/dl/win95/util/se363456.html

というのを見つけました（Visual StudioのCソースコードも付属しているようです）．

これをWine(Linux上のWin32APIコード実行環境）

Wine - Wikipedia：

http://ja.wikipedia.org/wiki/Wine

上で実行してやればできると思います．

質問はバイナリレベルでexeファイルを作るという

趣旨に見えますが，これはなかなか厳しいのでは？

CodeZine：EXEファイルの内部構造（PEヘッダ）（EXEファイル, PEヘッダ, Windows, 実行ファイル）：

http://codezine.jp/a/article.aspx?aid=412

この辺りの記事を読みながら地道にやるしかなさそうです．

http://www.archi.is.tohoku.ac.jp/people/simakura/linux.html

http://www.mingw.org/

すみませんが，追加回答となります．URLはほぼダミーです．

あれから，紹介したツールのソースコードを少し読みましたので．

以下，bzip2はzip/lzhでも同じことです．

自己解凍形式ファイルというのは，

自分自身のファイルの後ろにつけたデータ部(複数のファイルをtar.bzip2したファイル)

に対してbunzip2(解凍した後，tarで複数ファイルに展開する処理）を実行するexeファイルに過ぎないことが多いと思います．

上で紹介した「TAR.BZ2自己解凍モジュール 」は，

自分自身のファイル(引数arg[0])に対して，fopenした後，

fseekで(bunzip2.exeの大きさ分移動して)データ部まで移動し，bunzip2を適用していました．

                |→ここからbunzip2をかける
+-------------+---------------------+
| bunzip2.exe |  データ部(tar.bzip2) |
+-------------+---------------------+
全体：ファイル名.exe

それなので，自己解凍形式(foo.exe)を作るためには，DOSシェルで，

$ copy /b bunzip2.exe + foo.tar.bzip2 foo.exe

として，tar.bzip2したディレクトリfooの前側にbunzip2.exeをくっつけてやるだけでよかったのでした．

たぶん，EXE内部に立ち入ったり，Wineを使うまでもなく，

bunzip2の処理を行うEXEをビルド(Windows上で作るのが手っ取り早い．他にはMINGWなどのクロスコンパイラとか）して，

cat, cpでtar.bzip2の前側にくっつけてやるだけでできると思います．