webサーバーでリクエストを受けて、apacheを動作させているnobodyユーザーで、他のサーバーにSSHで接続して、接続先のサーバーでコマンドを実行して、結果を受け取るにはどのように設定すればよいでしょうか。nobodyユーザーだとホームディレクトリがないなどで、うまく設定できていない状態です。

suEXEC 機能を使えば良いのではないでしょうか。

suEXEC Support - Apache HTTP Server

suEXEC 機能により、Apache ユーザは Web サーバを実行しているユーザ ID とは 異なるユーザ ID で CGI プログラムや SSI プログラムを実行することができます。CGI プログラムまたは SSI プログラムを実行する場合、通常は web サーバと同じユーザで実行されます。

まずサンプルです。

1．apache 権限でパスフレーズ無しの鍵を作成します。

1-1．鍵作成用ページ(keygen.php)を作成する。

<?php
system("ssh-keygen -t dsa -f key/id_dsa -N '' -q");
?>

1-2．apacheで書き込みが出来るように鍵ファイル置き場(key)を作成する。

mkdir key
chmod 777

1-3．keygen.phpにブラウザでアクセスして key/id_dsa と key/id_dsa.pub が作成されたことを確認する。

2．公開鍵(key/id_dsa.pub)を接続先サーバの ~/.ssh/autorized_keys に追加する。

2-1．sshコマンドを実行するページ(ssh.php)を作る

<?php
system('ssh -o "StrictHostKeyChecking no" -i key/id_dsa -l user1 -p 10022 host1 ls');
?>

2-2．このページにアクセスしてみて接続先で ls が実行されたら成功です。

apache に ssh を実行させるポイントは大体以下の通りです。

• パスフレーズ無しの公開鍵認証が出来るようにしておく
• 秘密鍵はapache権限で読めるが、それ以外のユーザでは読めない用にしておく必要がある(phpを経由してapacheに鍵を作らせる)
• ホストキーチェックをしないようにする(-o "StrictHostKeyChecking no" オプションを付ける。初めてsshするときに「ホスト鍵をknown_hostsに追加しますか? yes/no」というやつが聞かれなくなります)

http://q.hatena.ne.jp/answer

↑の回答の補足ですが、suexec 環境で CGI の場合はapache権限ではなく、ユーザ権限で実行できるので秘密鍵のパーミッションとかはあまり気を遣う必要は無いと思います。

nobodyユーザーだとホームディレクトリがないなどで、うまく設定できていない

ということなので、suexecされていないCGIか、php環境などを想定して回答しました。

http://q.hatena.ne.jp/answer