windowsのファイルのバックアップで、

[cygwinをインストールした方がよいかもしれませんが・・・。]

私の環境では、コマンドプロンプトから、zipやftp の命令が使えたため、

バッチファイルに記述してはいかがでしょうか。

暗号ZIP化のところは、

login.txt に、

user [アカウント名] [パスワード]

を入力したファイルを用意しておき、

zip -P [パスワード] [ZIPファイルの名前].zip [圧縮するファイル]

ftp -i -n -s:login.txt [接続するサーバのドメイン名または、IPアドレス]

とすると、ダブルクリックするだけで、一連の作業が完了します。

なお、圧縮するファイルやZIPファイルの名前等は毎回変わると思うので、

コマンドプロンプトからの引数で動作するように設計するとよいと思います。

http://homepage2.nifty.com/mathpara/programing/ftpdos.htm

UWSCを使うと楽ですよ。

簡単に言うとテレビの録画の様な感じです。

録画ボタンを押してから停止ボタンを押すまでの間、マウスとキーボードの動作を記録します。

つまり一度だけ一連の動作を記憶させればボタン一つで何度でも自動実行できます。

Windowsの自動マクロ化：UWSC

http://www.uwsc.info/