当社は法人です。

>メインバンクとは別に引き落とし専用の口座を作ったほうがいいのかなとも

思っております。

その通りです。よく道場の月謝の引き落としなどにこれが使われるのですが、辞めたのに引き落とされるとか、そういうことがよくあります。また、銀行に自動引き落としの解約を申し出てもやってくれないのです。原則として相手会社が終了の手続きをとらないといけないみたいです。で、銀行の人が言っていたのは、そういう場合は口座にお金を入れないでおいてもらいたいということです。だから、メイン口座とは別に用意しておいた方がいいと思います。

毎回確認するのみです。

多くの企業・・・大企業も中小企業も引き落としのみを別にわけるなんてことしている会社は

見たことがありません。

信用のもとに取引をしているので・・・。

もし、それが不安なら振込み方式に変えたらどうですか？

ネットバンキングや、自動振込みなど銀行によっては対応してるところありますよ。

ちなみに、NTTでも間違いはあります。

契約変更をしたあとに、ミスなどがありますので、みなさん請求書をよく確認されたほうがいいですよ

法人の場合、特に内容や利用料金のチェックなどは、あまりしていないのが大半です。

請求＝引き落とし　は大丈夫なようですが、請求書に問題があるケースも・・・。

商品内容がわからないですが、

例えば無形のサービスの類であれば、料金が発生するサービス内容と、その条件（サービスのボリュームに応じた料金設定）を、細かく記載した契約書を用意してもらうのが先決かと思います。

それにより、正当な請求か、違法な請求かをはっきりさせる事が出来るはずです。

事前に引き落とし金額が不明な取引先と「自動引き落とし」の契約を交わすことは危険ですね。

必ず引き落としより前（1ヶ月以上）に請求書を発行させる事が必要です。

それに従い、その金額のみ口座に残しておく。しかし、複数の取引があれば、一社毎の支払額を残金にする事は不可能です。（まあ、請求書があれば余分な引き落とし分は取り戻せますが面倒です。）

やはり、請求書に従い、こちらから振り込むのがトラブルも少ない方法かと思います。

回答者2さんが言われるように、NTTなども過剰請求・過剰引き落としはよく有ります。請求書の内容をチェックして、納得いかないときは問い合わせを速やかに行わなければ、取られ損になります。