1,000万円以上になったら、その2年後から消費税はかかるのですが、税抜き、税込みのどちらでしょうか？

3の方は質問に書いてあることをそのまま言っているだけで関係ないですね。
2の方の上の部分も同様です。
その意味はわかっていらっしゃるようですので、質問にちゃんと2年後にかかると書いてあるので
説明は無用では？
　
それ以外の回答は、
１０００万に対し、税抜きで計算するのか税込みで計算するのか
つまり、１０００万を超える超えないは税込みで超えているかどうかという意味で質問しているとの解釈をしたようですね。
まず、現在の状況によります。
過去に届出をだしたか出さないかによってもかわってきますし、これだけでは回答できないです。
また、消費税も簡易と一般とありその点もかこの届出状況により変わってきます。
　
課税事業者になる場合は届出を出さなければならないので、注意してください。
出さないと、消費税の計算が不利になりますよ。