銀行等で担保を元手に融資を受けるとします。その担保に査定が行われる場合の、その査定額や減価率が適切な値となっているかどうかの判断は誰が行っているのでしょうか？また、その査定の妥当さを銀行以外の第三者機関が検査したりすることはあるのでしょうか？

バブルがはじけて銀行が破綻したりする前までは、銀行の自己査定をきちんと検査することはなかったようです。

しかし、大手銀行の破綻などが起こったため、今では、金融庁の検査が入るようです。

http://www.fsa.go.jp/common/paper/18/siryou/index.html

http://www.fsa.go.jp/news/newsj/16/f-20040916-2/siryou/625-639.p...

そのため、現在は金融機関も査定をする場合には、不動産の場合は不動産鑑定士などの評価を入れるのが普通になっているようです。

http://www.sanyu-appraisal.co.jp/str/now.html

不動産以外の担保についても、金融庁で色々とﾏﾆｭｱﾙを作成して、そのﾏﾆｭｱﾙに従って査定するように指導しているようです。

今でも、銀行によって査定額が異なるという話も聞きますので、取り敢えずは色々な金融機関で査定してもらって、比較するのが簡単でしょうか。