文部科学省が、政府の教育再生会議が強く主張した道徳の教科化を見送る、というようなことがどのような理由できるものなのでしょうか。命令系統といいいますか、指揮権といいますか、どういう背景があってこのようなことがおきるのでしょうか

お飾りですから

http://www.kyouiku-saisei.go.jp/index.html

教育再生会議は閣議決定を根拠に設置されましたが、別に文部科学省の上位に位置する機関ではないので指揮・命令したりする権限がそもそもあるわけではありません。

ですから、文部科学省がその主張通りにしなくても法律的に問題があるわけではありません。

これが形式的な理由です。

もっとも、政府の肝いりで設置された機関ですからこの手の機関の出した結論は多くの場合尊重されます。

（というか、そもそも結論が決まっていてそれを権威付けるためだけに有識者を集めてそれに添った結論を出させていると思われることも多々あります。）

しかし、教育再生会議は安部前首相の時に設置されたものですので、首相が交代したことにより政府の方針が変わって教育再生会議は現政権下では重視されなくなりました。ですから、文部科学省が教育再生会議の主張を採用しなくても政府からの圧力もないということなのでしょう。

これが（おそらく）実質的な理由です。

教育再生会議は安倍総理が作った内閣直属の組織。教育問題は文部科学大臣の諮問機関である「中央教育審議会」で議論され、答申されるシステムです。つまり、こちらの方が格上。

教育再生会議での報告書は、中央教育審議会で改めて審議され、答申されるということになります。

中央教育審議会のメンバーの中には、当然教育再生会議に対して不満を持っている人も少なくないので、結果道徳の教科科を見送るといったこともおこってくるのです。

下記のＵＲＬがとってもわかりやすいです。

http://www.ewoman.co.jp/2005_news/gimon/54/index.html