ApacheでSSLを設定する場合ですが、ssl.confでしてするディレクトリに一般的には次のどちらを設定するのがベターなのでしょうか？

×　ssl.confでしてする
○　ssl.confで指定する

httpsでアクセスさせたいものをhttpでアクセスしてきた場合には、スクリプトを書かなくても.htaccessの設定でリダイレクトできますので、ディレクトリを分ける意味はないと思います。
セキュリティ的にはhttpだろうがhttpsだろうが外から見える以上は関係ない話ですから、この観点からもディレクトリを分ける必要はありませんね。

単に鍵をかけるだけでは無く、クライアント認証という方法もあるので
> セキュリティ的にはhttpだろうがhttpsだろうが外から見える以上は関係ない話
とばっかりも言えないのでは？

>.htaccessの設定でリダイレクトできます
リスク管理の問題です。
.htaccessの設定を忘れてしまうことも「できる」ので最初から完全に分けておくことにも充分な理由があります。

>httpだろうがhttpsだろうが外から見える以上は関係ない話
これもリスク管理の問題です。
通信経路での傍受の可能性の観点から言うと違います。
httpsの場合は誰が見たのかログから判断できますが、httpの場合は傍受された分はログには残りません。
それにhttpsを使う場合はユーザー認証を併用して使用する場合が多い(というかほとんど)のでその意味からもディレクトリを分けておくことに意味があります。

チョット勘違いされているようなので補足を...
httpもhttpsもセキュリティ的には関係ないと言ったのは、例えば「個人情報を扱うところで、どっちを使っても問題ない」という話ではありません。
使い分けは意味のある事ですが、「重要なものだからhttps」というのは違うぞと。
httpsを使っても丸見えであれば意味ないでしょ？というニュアンスで書いただけですから...
通信路での盗聴などの問題は「当然の事理解している上での話」です。

認証の問題に関しては、今回の話題ではないので省略している事も書き添えておきます。
（ちなみにユーザー認証は公開サーバーである以上は「万全」ではありませんね）

ディレクトリを分けても、アップロードするときに（あるいはコンテンツを作るときに）格納場所を間違うというリスクもありますので、そこを考慮して「ディレクトリを分ける意味がない」と書かせていただきました。

もちろん、みなさんが書かれている事もごもっともですので、否定は致しません。