分野にもよると思いますが、高エネルギー関係ですと、ROOTを使っておりました。
CINTがメインですので、C++の知識が必要となります。
また、Fortran がベースの PAWもあります。
http://wwwasd.web.cern.ch/wwwasd/paw/index.html
私はPAWの方がよく使っておりました。
gnuplotも有名です。
http://www1.parkcity.ne.jp/yone/sheets/toolC01_06.htm
Mathematicaでもできると思うのですが・・・・。
具体的なコードの問題です。お願いします。