OSはCentOS3です。
現状PHP4とMySQL3系がインストールされています。
必要な情報があればコメント欄にて知らせてください。
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別バージョンの httpd＋php と別バージョンの mysql をソースからインストールしてListenポートを変えて別起動しておき、基本的に元々のApacheでリクエストを受けるようにして、PHP5が必要なVirtualHostはローカルの別ポートで起動している httpd に ProxyPass してやります。
MySQL はアプリケーションごとに好きなバージョンの方につなぐようにすればよい。
これが一番シンプルでわかりやすい方法だと思います。
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ありがとうございます。試してみます。