MYSQLのサーバパラメータを変更したいのですが、

my.cnf に同じ形式で記述すればよいです。

MySQL :: MySQL 4.1 リファレンスマニュアル :: 4.1.2 my.cnf オプション設定ファイル

option=value

これは、コマンドラインの --option=value と同等。注意: オプションの引数にコメント文字が含まれる場合、引数を二重引用符で囲む必要がある。

set-variable = name=value

これは、コマンドラインの --set-variable=name=value と同等。 注意: --set-variable は MySQL 4.0 で廃止された。MySQL 4.0 では、プログラム変数名をオプション名として使用できる。コマンドラインでは、--name=value を使用する。オプション設定ファイルでは、name=value を使用する。

基本的には、my.cnf ファイルを編集すれば良いと思います。

my.cnf の場所は、起動スクリプト(/etc/init.d/mysql 等)に書かれています。

もし、tarballからインストールしたのであれば、起動コマンド（safe_mysqld）を実行する際、オプションで設定ファイルの場所を指定します。

$ safe_mysqld --defaults-file=/usr/local/mysql/etc/my.cnf

また、my.cnfファイルは、インストール直後には作られていない場合があります。

サンプルが用意されていますので、それを変更して使用します。

だいたい、ドキュメントと同じところに入っているはずです。

手元の環境では、以下の場所にありました。

/usr/share/doc/mysql-server-4.1.20/my-huge.cnf

/usr/share/doc/mysql-server-4.1.20/my-large.cnf

/usr/share/doc/mysql-server-4.1.20/my-small.cnf

/usr/share/doc/mysql-server-4.1.20/my-innodb-heavy-4G.cnf

/usr/share/doc/mysql-server-4.1.20/my-medium.cnf

規模別に有る程度チューニングされた設定になっているようです。

これを、 /etc/my.cnf へコピーして使用すれば良いと思います。

/etc/my.cnf で設定すればよいです。

OSは何でしょうか？

Windowsなら、My.cnfでなく、My.iniの値が有効になっているかも知れません。

MySQLのサービス起動時に、--defaults-file=で何を指定しているかにより異なってきます。

また、Windowsであれば、MySQLのサービスの停止、再起動をする必要があります。

コマンド・プロンプトで、次の操作を行います。

net  stop mysql
net start mysql