perlのパスについて、

UNIXのハードリンク機能を使えば可能です。

いか、OS Xでの説明になりますが、基本は同じです。

perl スクリプトは、最初の1行目にperlの位置を書くことになっています。OS Xのデフォルトでは「/usr/bin/perl」にperlがありますが、ハードリンクを使って「#!/usr/local/bin/perl」としても動くようにしてみます。terminalで作業します。

　以下、su rootで説明していますが、「sudo コマンド～」でも作業可能です。

cd /usr/local　←移動する。
sudo mkdir bin　←binディレクトリを作る。
パスワード　
cd /usr/bin　←perlのあるディレクトリに行く
sudo ln perl /usr/local/bin　←ハードリンク（エイリアス）を作る
sudo ln perl5.6.0 /usr/local/bin　←ハードリンク（エイリアス）を作る

http://www.kiwi-us.com/~mizusawa/penguin/html_hint/osXDarwinTips...

「リンクを設定するには」を参考に、シンボリックリンクを設定してはどうでしょうか。

シンボリックリンクを張ればよいです。

ln -s /usr/bin/perl /usr/local/bin/perl

http://q.hatena.ne.jp/answer