先日、あるサイトが削除されるとのことで、webページをローカルに保存しました。自動巡回保存ツールを利用したのですが、保存されたhtmデータは元のページと表示が変わってしまいます。（cssが反映されていないのかわかりませんが）

紙copiLiteというソフトウェアでの取り込みでは表示が崩れることはありませんが、1ページずつしか保存できません。

そこで、紙copiLiteのように表示の崩れが起きずに、かつページ数の多いサイト丸ごと取り込めるようなソフトウェアはありませんでしょうか？
あと、なぜ紙copiLiteでは表示の崩れが起きないのかその原因もできれば知りたいです。