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1868年、徳川幕府の直轄領（天領・旗本の領地）が明治政府の直轄領になり、三都（江戸・大坂・京）や、開港した5港などを管轄する重要地域を府とし、それ以外を県としたことがはじまり。
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E9%83%BD%E9%81%93%E5%BA%9C%E7%9C%8...
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東京も府だったのですね。
教えていただいたページに北海道についても記述されていました。
ありがとうございました。