今現在、自営業を営んでおります。妻が新しく別の事業を立ち上げた場合、確定申告では利益は合算となるのでしょうか？

所得税は個人単位になりますので、別々に所得税がかかってきます。

同一生計であれば、扶養控除や社保控除、医療費控除などはどちらでも控除出来ますので、所得の多い方で控除した方が有利になります。

http://d.hatena.ne.jp/kobarin/

別事業の事業主を奥さんにした場合は、確定申告は別々になります。

実質全ての業務を奥さんがこなす場合でも、事業主をdematiさんにして、奥さんは従業員となるのであれば、合算になります。

http://q.hatena.ne.jp/　

基本的に、所得税は個人課税なので、別々ということになります。

ご主人の自営するお店で奥さんが働くという場合でも、

ご主人には、店の利益に対して「事業所得」の所得税が、

奥さんには、もらった給料に対して「給与所得」の所得税がかかってきます。

その場合には、ご主人には、奥さんの給与から毎月源泉税を天引きする義務も出てきますが、

そうしたほうが得な場合もあります。

結論を言うと、まったくの別事業なら、お二人に別々の「事業所得」の所得税

がかかるでしょう。

しかし、同一店舗で「二つの事業を営む」ということにしておいて、

（例えば、飲食店とみやげ物屋を同時に営む人もいますから）

奥さんはその一つの部門の従業員という形にもできるということです。

↓

青色専従者の届出はこちら

http://www.nta.go.jp/tetsuzuki/shinsei/annai/shinkoku/pdf/12.pdf

所得税・住民税：

新しい事業で発生する利益が103万以上

→別々で申告が有利

消費税：

新しい事業での受取る消費税-支払う消費税＞0

→少なくとも二年間は別々で申告が有利

奥様が個人事業として別の事業をなさるということであれば、原則奥様に事業所得の申告義務が発生します

この場合一定の要件を満たせば、事業所得に対し65万円の特別控除を受けることができます。これを控除した奥様の合計所得金額が38万円以下であれば、ご自身の所得から配偶者控除として38万円を控除することができます

消費税について考えると、夫婦別々であれば二年間は奥様の事業についての消費税は課税されませんので支払った消費税より受け取った消費税が多い場合はその分収入になります

一方、今行っている事業も、奥様の始めた事業も二人で行えば、ご自身の事業所得として申告し奥様を青色専従者とすることができると思います

http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/2075.htm

この場合ご自身の事業の費用として支払った奥様への給与は、奥様の所得税の計算上給与所得控除を使うことができます

さらに、奥様への給与をご自身の所得とほぼ同様にすることで税率を抑えることができ、二人の合計税額が少なくなります

消費税については、新しく始めた事業で支払った消費税より受け取った消費税が少ない場合は今行っている事業の消費税の計算上控除することができます