オリジナルのWebアプリのライセンス・著作権について質問です。

ある企業から、あるWebシステム（PHP＋MySQL）の制作を依頼されたとします。
いわゆるオーダーメードのWebアプリです。

これのライセンスや著作権については、どのように設定したら良いのでしょうか？

一般的なWindowsアプリなどでは、あくまでも著作権・所有権はメーカーにあり、ソフト購入者には使用権だけを与える・・・というのが一般的だと思います。しかしWebアプリ、それもオーダーメード発注となると、著作権などを相手に譲渡するべきなのでしょうか？

できればシステムの転売や流用などをされたくないので、（PHPで作った）ソースを暗号化コンパイルしたうえで納品し、ライセンスもそのように設定できればベストなのですが、この場合一般的にはどうするのが普通なのでしょうか？

皆様のアイデアやアドバイス、実体験例などを教えてください。