離婚により、居住用不動産（夫名義）を妻に分与した場合、不動産の時価が上がっている場合のみ、譲渡所得が課税されるのでしょうか？

課税されます。

分与した土地建物の時価が、分与を受けた者（＝元妻）の所得となり、譲渡所得がかかります。ローン残高とは関係ありません。

譲渡所得がかかる場合は、離婚手続きが終了する前に、不動産を売却してしまった方が税金上有利となりますか？

元夫の収入によりけりです。

不動産を現金化し、財産分与請求権に基づき元妻に渡すことには贈与税はかかりません。しかし、年収1千万円未満のサラリーマンの場合、財産分与の相場は数百万円とされています。

これより不動産時価が高い場合には贈与税がかかります。

参考サイト

• 離婚して土地建物などを渡したとき （国税庁）
• 譲渡所得（国税庁）
• 譲渡所得の計算方法（三井不動産販売）

＞分与した土地建物の時価が、分与を受けた者（＝元妻）の所得となり、譲渡所得がかかります。

＞ローン残高とは関係ありません。

税務署に電話したらすぐに教えてくれると思います。

ローン残高も関係ありますよ。ローンも妻に渡すのと渡さないのとでは違いますから。

あと、結婚後に築いた財産は共有財産ですから、その財産分与として、お金でもらうのと不動産でもらうのと違いでしかないのなら、譲渡に当たらないはずです。

http://q.hatena.ne.jp/answer

分与した土地建物の時価が、分与を受けた者（＝元妻）の所得となり、譲渡所得がかかります。ローン残高とは関係ありません。

これは間違いです。

一見不思議に思えるかもしれませんが、かかるのは分与した人（＝元夫）です。

土地を売って妻に現金で財産分与をした場合と同じということです。

財産分与が土地や建物などで行われたときは、分与した人に譲渡所得の課税が行われることになります。

http://www.nta.go.jp/taxanswer/joto/3114.htm

尚、譲渡所得がかかる場合は、離婚手続きが終了する前に、不動産を売却してしまった方が税金上有利となりますか？

時価が適切に評価されているという前提であれば理論上はどっちでも同じです。