IE6で、
fie://c:/proxy.pac
だとうまくいくのに.誰でも読める共有フォルダにおいて
file://Server01/share/proxy.pac
と指定しても設定されません。
Webサーバーをたてるか、proxy.pacを全クライアントに配布する必要があるのでしょうか。
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ひょっとして、そのサーバからファイルをコピーしようとすると「このゾーンからファイルを移動したり、コピーできるようにしますか？」と聞かれませんか？
もし、そうだとすれば、下記のページの対処を実行してみてください。
れびゅる:Windows XP SP3 ネットワークドライブでドラッグすると確認画面が・・・ - livedoor Blog（ブログ）
理屈としては、proxy.pac の中身は JavaScript ですから、JavaScript の実行が許可されているゾーンじゃない場合、proxy.pac が実行されないことはありえるかな、と。だとすれば、上記ページの様に、イントラネットゾーン（もしくは信頼済みサイト）に共有フォルダのあるサーバを指定する必要があるのでは、と思った次第です。
そういったケースが書かれているサイトを探したのですが、ちょっと見つからなかったので、あくまでも「可能性」ですが...
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ありがとうございます。
ログオンスクリプトを使って各クライアントPCのローカルへ.pacを配布する方法も検証したのですが、VistaのIE7ではそれでも上手くいかなかったため、ドメコンにIISを導入して「http://～」で指定する方法にしました。